С 2018 года доступно рефинансирование военной ипотеки под более низкий процент. Сегодня такую услугу предоставляет большинство банков, работающих по военной ипотеке: ВТБ, Россельхозбанк, Севергазбанк, Промсвязьбанк, «Открытие», «Дом.РФ», «Россия» и Газпромбанк. В 2023 году рефинансирование доступно по ставке от 13,8% годовых. По данным «Росвоенипотеки», такой возможностью воспользовалось уже более 45,8 тыс. участников НИС.